Kegiatan Pemantapan mutu internal (PMI) dilaksanakan oleh masing-masing instalasi di BBLK Surabaya meliputi tahap pra analitik, analitik dan pasca analitik.

BBLK Surabaya mengikuti program Pemantapan Mutu Eksternal sebagai peserta baik nasional maupun internasional.

Balai Besar Laboratorium Kesehatan Surabaya bekerja sama dengan Lembaga Sertifikasi Profesi Tenaga Laboratorium Penguji Indonesia (LSP Telapi) mengadakan Uji Sertifikasi bagi tenaga analis kesehatan yang bekerja di laboratorium pemerintah maupun swasta.

Visi : Eksis, Mandiri dan bermutu.

Misi :

Meningkatkan kualitas jasa pelayanan pemeriksaan laboratorium sesuai standar ISO/IEC 17025:2005
Mengoptimalkan tugas pokok dan fungsi sebagai pusat laboratorium rujukan, pendidikan, pelatihan, penelitian dan pengembangan.
Menuju instansi Swadana & Swakelola