Sesuai dengan Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor: 1063 / MENKES / SK / IX / 2004 tanggal 24 September 2004 yang diperbarui dengan Peraturan Menteri Kesehatan RI Nomor: 558 / MENKES / PER / VII / 2006 tanggal 31 Juli 2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Laboratorium Kesehatan.
Jumlah pejabat struktural di Balai Besar Laboratorium Kesehatan Surabaya adalah 10 orang, yaitu:
- Jabatan Eselon II.b sejumlah 1 orang yaitu: Kepala Balai Besar Laboratorium Kesehatan Surabaya
- Jabatan Eselon III.b sejumlah 3 orang yaitu:
- Jabatan Eselon IV.a sejumlah 6 orang yaitu :
- Kepala Seksi Lab. Klinik
- Kepala Seksi Lab. Kes. Masyarakat
- Kepala Seksi Pemantapan Mutu
- Kepala Seksi Pendidikan dan Pelatihan, Penelitian dan Pengembangan
- Kepala Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan
- Kepala Sub Bagian Kepegawaian dan Umum
Struktur organisasi Balai Besar Laboratorium Kesehatan Surabaya adalah sebagai berikut:
